Σάββας Χριστοφορίδης
Η ομάδα μας μελετά τις αλληλεπιδράσεις μεταξύ ενδοκυττάρωσης, μεταγωγής σήματος και εξωκυττάρωσης στα ενδοθηλιακά κύτταρα και το ρόλου που διαδραματίζουν στη φυσιολογία των αιμοφόρων αγγείων. Τα ενεργοποιημένα ενδοθηλιακά κύτταρα και η δυσλειτουργία του ενδοθηλίου εμπλέκονται στις πιο απειλητικές ασθένειες, όπως τα καρδιαγγειακά και φλεγμονώδη νοσήματα και στην αγγειογένεση των καρκινικών όγκων. Είναι αξιοσημείωτο το γεγονός ότι πολύ σημαντικά αγγειοδραστικά μόρια που ελέγχουν τις παραπάνω παθοφυσιολογικές διαδικασίες βρίσκονται αποθηκευμένα σε ειδικά αποθηκευτικά οργανίδια (που ονομάζονται σωμάτια Weibel Palade) των ενδοθηλιακών κυττάρων. H ενεργοποίηση υποδοχέων στην επιφάνεια των ενδοθηλιακών κυττάρων επάγει τη σύντηξη των σωμάτιων Weibel Palade με την κυτταρική μεμβράνη και την απελευθέρωση των αγγειοδραστικών μορίων τους στην κυκλοφορία του αίματος. Η μελέτες της ομάδας μας έχουν τους εξής στόχους:1. Να διαλευκάνουμε τους μοριακούς μηχανισμούς που είναι υπεύθυνοι για την μετακίνηση και εξωκυττάρωση των σωμάτιων WeibelPalade.2. Να ταυτοποιήσουμε τους υποδοχείς της μεμβράνης και τα καθοδικά σηματοδοτικά μόρια που επάγουν την έκκριση των σωμάτιων WeibelPalade.3. Να ιχνηλατήσουμε τα μονοπάτια ενδοκυττάρωσης των ενεργοποιημένων υποδοχέων των ενδοθηλιακών κυττάρων και το ρόλο των μονοπατιών αυτών στην μεταγωγή του σήματος και την έκκριση των σωμάτιων WeibelPalade.4. Να διερευνήσουμε τη λειτουργική σημασία των παραπάνω διαδικασιών στη φυσιολογία των αγγείων και σε σοβαρές ασθένειες των αγγείων.
Βασίλης Δουρής
Ο ρόλος συγκεκριμένων γονιδίων και μεταλλαγών στην ανθεκτικότητα σε εντομοκτόνα Χρησιμοποιούμε γονιδιωματική τροποποίηση CRISPR/Cas9 στη Drosophila για να αξιολογήσουμε υποψήφιες μεταλλαγές μέσω μιας προσέγγισης ανάστροφης γενετικής (επισκοπείται στο Douris et al., 2020 Pestic Biochem Physiol). Επίσης πραγματοποιούμε λειτουργική έκφραση υποψήφιων γονιδίων ανθεκτικότητας (μονοξυγενάσες P450) για να διερευνήσουμε την ικανότητά τους να μεταβολίζουν εντομοκτόνα in vivo (Tsakireli et al., 2019 Pestic Biochem Physiol; Riga et al., 2020 Insects). Έχουμε στο παρελθόν διερευνήσει την ανθεκτικότητα έναντι διαφόρων χημικών κλάσεων, και αυτή την περίοδο εστιάζουμε σε μηχανισμούς ανθεκτικότητας στόχου και μεταβολικής ανθεκτικότητας έναντι αβερμεκτινών. Συνεργιστικές αλληλεπιδράσεις μεταξύ διαφορετικών μηχανισμών ανθεκτικότητας Παρότι δεδομένα φυσικών πληθυσμών υποδηλώνουν γενικά την ύπαρξη επιστατικής δράσης μεταξύ γονιδίων που εμπλέκονται σε συνυπάρχοντες μηχανισμούς ανθεκτικότητας, η έρευνά μας έχει καταδείξει ξεκάθαρη συνεργιστική δράση μεταξύ μεταλλαγών ανθεκτικότητας στόχου και αλληλομόρφων μεταβολικής ανθεκτικότητας σε ένα σύστημα τροποποιημένης Drosophila που είναι ελεύθερο από συνυπάρχουσες γενετικές επιδράσεις, ως προς την ανθεκτικότητα σε πυρεθροειδή (Samantsidis, Panteleri et al., 2020 Proc Roy Soc B). Επιπλέον, μπορέσαμε να καταμετρήσουμε το δυνητικό κόστος αρμοστικότητας που προκαλεί η συνύπαρξη πολλαπλών αλληλομόρφων ανθεκτικότητας. Αυτή την περίοδο διερευνούμε σε ένα αντίστοιχο πλαίσιο διαφορετικούς μοριακούς στόχους και χημείες δραστικών ουσιών εντομοκτόνων, που περιλαμβάνουν την ανθεκτικότητα σε αβερμεκτίνες. Νέοι μηχανισμοί ανθεκτικότητας και νέες πιθανές ουσίες Έχοντας συμβάλει στην αναγνώριση μια νέας τάξης πρωτεϊνών (χημειοαισθητήριες πρωτεΐνες, CSPs) ως πιθανών συμμέτοχων στην ανθεκτικότητα σε πυρεθροειδή στα κουνούπια (Ingham et al., 2020 Nature) επιδιώκουμε να διερευνήσουμε το ρόλο των CSPs ως πρωτεϊνών δέσμευσης εντομοκτόνων με πιθανή συμβολή στη μεταβολική ανθεκτικότητα ή απομάκρυνση in vivo. Στην παρούσα φάση, εκφράζουμε υποψήφιες CSP λεπιδοπτέρων σε εντομικά συστήματα έκφρασης (baculovirus) και αποτιμούμε το δυναμικό τους στα πλαίσια τη δράσης iNEXT / INSTRUCT-ERIC και ενός προγράμματος ΕΛΙΔΕΚ σε συνεργασία με την μονάδα έκφρασης πρωτεϊνών του NKI (Ολλανδία). Επιδιώκουμε να ανιχνεύσουμε βέλτιστες δομές πρόσδεσης που θα μπορούσαν να καθοδηγήσουν τον ορθολογικό σχεδιασμό νέων δυνητικών δραστικών ουσιών ή/και συνεργιστών για συνθέσεις εντομοκτόνων του εμπορίου. Διερεύνηση μηχανισμών ανθεκτικότητας και των αλληλεπιδράσεών τους μέσω γονιδιωματικής τροποποίησης και γενετικής μηχανικής στην Drosophila (Douris et al., 2020 Pestic Biochem Physiol). Ερευνητικοί στόχοι: Το εργαστήριό μας μελετάει τους μοριακούς μηχανισμούς που επάγουν την ανθεκτικότητα σε εντομοκτόνα. Στόχοι μας είναι: 1. Η κατανόηση του πώς συγκεκριμένες μεταλλαγές και ρύθμιση γονιδίων διαμορφώνουν φαινότυπους ανθεκτικότητας σε φυσικούς πληθυσμούς2. Η διερεύνηση συνεργιστικών αλληλεπιδράσεων μεταξύ διαφορετικών μηχανισμών και της επίπτωσής τους στην αρμοστικότητα3. Η ανίχνευση νέων μηχανισμών ανθεκτικότητας και η ανάπτυξη εφαρμογών στην κατεύθυνση της εύρεσης εν δυνάμει νέων δραστικών ουσιών και συνεργιστών Εργαζόμαστε με το σύστημα μοντέλο της Δροσόφιλας και με καλλιέργειες κυττάρων εντόμων και χρησιμοποιηούμε τεχνικές μοριακής βιολογίας, προσεγγίσεις -ομικής, γονιδιωματική τροποποίηση CRISPR/Cas9 και λειτουργική έκφραση πρωτεϊνών. Προσβλέπουμε στην ανάπτυξη ενός συνεργατικού δικτύου επιστημονικών αλληλεπιδράσεων που θα προωθεί την επιστημονική πρόοδο και την απεύθυνση στην κοινωνία.
Μιχαέλα Φίλιου
Η ομάδα μας μελετά τους μοριακούς μηχανισμούς των νευροψυχιατρικών διαταραχών. Οι ερευνητικοί μας στόχοι μας είναι:• Να κατανοήσουμε πώς τα μιτοχόνδρια, τα εργοστάσια παραγωγής ενέργειας του κυττάρου, διαμορφώνουν συμπεριφορές σχετικές με το άγχος και το ψυχολογικό στρες• Να βρούμε μοριακές υπογραφές και υποψήφιους βιοδείκτες για νευροψυχιατρικές διαταραχές και για την απόκριση σε φαρμακολογικές παρεμβάσεις• Να διερευνήσουμε τα μιτοχόνδρια ως θεραπευτικούς στόχους για νευροψυχιατρικές διαταραχέςΔουλεύουμε με μοντέλα ποντικιών, δείγματα ασθενών και κυτταροκαλλιέργειες και χρησιμοποιούμε μεθοδολογικές προσεγγίσεις συμπεριφορικής βιολογίας, πρωτεομικής/μεταβολωμικής, πρωτεϊνικής βιοχημείας και φαρμακολογίας. Σκοπός μας είναι να δημιουργήσουμε ένα περιβάλλον συνεργασίας που προωθεί την επιστημονική εξέλιξη και επικοινωνία.
Μαρία Γεωργιάδου
Ο καρκίνος του πνεύμονα είναι η κύρια αιτία θνησιμότητας από καρκίνο παγκοσμίως. Αυτό αποδίδεται κυρίως στο γεγονός πως οι περισσότεροι καρκίνοι του πνεύμονα διαγιγνώσκονται στο στάδιο IV, όταν ο καρκίνος είναι ήδη μεταστατικός, με αποτέλεσμα η νόσος να μην είναι αντιμετωπίσιμη και τα ποσοστά επιβίωσης να είναι χαμηλά. Νέες καινοτόμες θεραπείες έχουν βελτιώσει το προσδόκιμο ζωής σε ορισμένους υποτύπους καρκίνου του πνεύμονα. Ωστόσο, το κλινικό όφελος εξακολουθεί να περιορίζεται σε μια μειοψηφία ασθενών, αντικατοπτρίζοντας την ανάγκη καλύτερης κατανόησης της υποκείμενης βιολογίας της νόσου. Η περιορισμένη θεραπευτική ανταπόκριση αποδίδεται και στην αντίσταση στα φάρμακα οδηγώντας σε υποτροπή. Η ακαμψία είναι μια βιοφυσική ιδιότητα του εξωκυττάριου θεμέλιου χώρου που ρυθμίζει τις κυτταρικές λειτουργίες, συμπεριλαμβανομένου του πολλαπλασιασμού, της εισβολής και της διαφοροποίησης των κυττάρων, ενώ μπορεί να επηρεάσει και την απόκριση των κυττάρων στις θεραπείες. Η ικανότητα των κυττάρων να αισθάνονται/αντιλαμβάνονται την ακαμψία των ιστών και να την μετατρέπουν σε ενδοκυτταρικά σήματα ονομάζεται μηχανομεταγωγή. Ενώ γνωρίζουμε πώς επηρεάζει η ακαμψία τη συμπεριφορά των φυσιολογικών κυττάρων, η επίδραση της ακαμψίας στα καρκινικά κύτταρα - και πιο συγκεκριμένα στα καρκινικά κύτταρα του πνεύμονα - παραμένει σε μεγάλο βαθμό ασαφής. Στο εργαστήριο, χρησιμοποιούμε υδρογέλες με ρυθμιζόμενη ακαμψία για να μελετήσουμε την επίδραση της ακαμψίας του εξωκυττάριου θεμέλιου χώρου στην ανάπτυξη και την μετακίνηση των καρκινικών κυττάρων του πνεύμονα, καθώς και στην απόκρισή τους στη φαρμακευτική αγωγή και τις επιπτώσεις στον κυτταρικό τους μεταβολισμό. Εικόνα 1. (A) Σχηματική αναπαράσταση της δημιουργίας υδρογελών με ρυθμιζόμενη ακαμψία (προσαρμογή από Barber, Georgiadou et al JSC 2020); (B) Αντιπροσωπευτικές εικόνες κυττάρων της κυτταρικής σειράς HCC827 πάνω σε μαλακό (αριστερά) ή σκληρό (δεξιά) υπόστρωμα. Έχει γίνει χρώση είδική για την ακτίνη (phalloidin, κόκκινο) και με αντίσωμα που αναγνωρίζει την ενεργή μορφή της ιντεγκρίνης β1 (12G10, πράσινο). Ερευνητικοί στόχοι: Να κατανοήσουμε πώς η ακαμψία του εξωκυττάριου χώρου ρυθμίζει την ανάπτυξη των καρκινικών κυττάρων του πνεύμονα, τη μεταναστευτική τους συμπεριφορά και την αντίστασή τους στα φάρμακα Να εντοπίσουμε νέες θεραπευτικές ευπάθειες σε καρκινικά κύτταρα του πνεύμονα που θα μπορούσαν να αντιμετωπιστούν με στοχευμένες θεραπείες
Χρήστος Γ. Γκόγκας
Η πολύπλοκη πολυγενετική φύση των διαταραχών του εγκεφάλου, όπως οι νευροαναπτυξιακές διαταραχές (Διαταραχή Αυτιστικού Φάσματος, σύνδρομο εύθραυστου Χ, διανοητική αναπηρία) οι νευροψυχιατρικές διαταραχές (κατάθλιψη, σχιζοφρένεια) και οι νευροεκφυλιστικές νόσοι (νόσος του Parkinson, νόσος του Alzheimer) μαζί με μια πληθώρα μη γενετικών παραγόντων, παρεμποδίζουν τις προσπάθειές μας να τις κατανοήσουμε και να τις αντιμετωπίσουμε. Μελετώντας συγκλίνουσες σηματοδοτικές, μοριακές και κυτταρικές οδούς , μπορούμε να κατανοήσουμε την αιτιολογία αυτών των διαταραχών του εγκεφάλου. Οι πρωτεΐνες των κυττάρων καταλύουν τις περισσότερες από τις αντιδράσεις από τις οποίες εξαρτάται η ζωή. Μεταφραστικός έλεγχος είναι το άθροισμα των ρυθμιστικών γεγονότων που υπαγορεύουν αλλαγές στην σύνθεση πρωτεϊνών, ανά mRNA, ανά μονάδα χρόνου, και είναι καθοριστικός ρυθμιστής της αφθονίας των πρωτεϊνών. Το εργαστήριό μας επικεντρώνει στην κατανόηση των μοριακών και σηματοδοτικών μηχανισμών του μεταφραστικού ελέγχου στον εγκέφαλο και πώς αυτοί ελέγχουν τις σύνθετες λειτουργίες και συμπεριφορές του εγκεφάλου, όπως μάθηση, μνήμη, κοινωνικές αλληλεπιδράσεις, άγχος και φόβος, αλλά και πώς επηρεάζουν την υγεία του εγκεφάλου (π.χ. νευροεκφύλιση). Η έρευνα μας εστιάζει στους παρακάτω στόχους: Διερεύνηση του μετα-μεταγραφικού μεταφραστικού ελέγχου: Το εργαστήριο στοχεύει στη διαλεύκανση των μηχανισμών της μετα-μεταγραφικής ρύθμισης της γονιδιακής έκφρασης στον εγκέφαλο, εστιάζοντας στον τρόπο με τον οποίο οι πρωτεΐνες σηματοδότησης και οι πρωτεΐνες που προσδένονται στο mRNA διαμορφώνουν τη μετάφραση του mRNA. Αξιοποίηση ανθρώπινων πολυδύναμων βλαστικών κυττάρων: Το εργαστήριο επιδιώκει να αξιοποιήσει τα εγκεφαλικά οργανοειδή που προέρχονται από ανθρώπινα πολυδύναμα βλαστικά κύτταρα για τη μελέτη της ανάπτυξης και της λειτουργίας των ανθρώπινων νευρικών κυκλωμάτων. Η προσέγγιση αυτή θα προσφέρει πληροφορίες για τα κυτταρικά και μοριακά μονοπάτια που διαταράσσονται στις νευρολογικές ασθένειες. Ανάπτυξη μοντέλων ασθενειών σε τρωκτικά: Στόχος μας είναι να αναπτύξουμε και να χαρακτηρίσουμε μοντέλα τρωκτικών που μιμούνται με ακρίβεια τις ανθρώπινες νευροβιολογικές διαταραχές, όπως ο αυτισμός. Τα μοντέλα αυτά θα διευκολύνουν τη διερεύνηση των μηχανισμών της νόσου και τη δοκιμή πιθανών θεραπευτικών προσεγγίσεων. Καινοτόμες θεραπευτικές στρατηγικές: Στόχος μας είναι να διερευνήσουμε νέες θεραπευτικές στρατηγικές που στοχεύουν στη δυσλειτουργία της πρωτεϊνοσύνθεσης στις νευρολογικές διαταραχές. Με την ανάπτυξη γενετικών και φαρμακολογικών εργαλείων, στοχεύουμε στην αποκατάσταση της φυσιολογικής πρωτεϊνοσύνθεσης και στη βελτίωση των συμπτωμάτων της νόσου.
Ευάγγελος Κωλέττας
Η ομάδα μας μελετά τις πορείες μεταγωγής σήματος της οικογένειας των μεταγραφικών παραγόντων NF-κB καθώς επίσης και το ρόλο του ρυθμιστικού δικτύου IKK/NFκB-miRNA στις αποκρίσεις σε βλάβες στο DNA και σε προ-φλεγμονώδεις καταστάσεις που επηρεάζουν τη γήρανση και τον καρκίνο.Οι μεταγραφικοί παράγοντες μεταγραφής (TFs) NF-κB είναι σημαντικοί ρυθμιστές των προ-φλεγμονωδών και στρεσογόνων αποκρίσεων, και τα ανοδικά σηματοδοτικά μόρια τους υπερεκφράζονται ή ενεργοποιούνται σε παθήσεις του πνεύμονα, καθώς επίσης και στο μη-μικροκυτταρικό καρκίνο του πνεύμονα (non-small cell lung cancer; NSCLC), με δυσμενή πρόγνωση για την επιβίωση των ασθενών. Η ενεργοποίηση των μεταγραφικών παραγόντων NF-κB επιτυγχάνεται με δύο κύριες πορείες σηματοδότησης: Μία κανονική σηματοδοτική πορεία ενεργοποίησης του NF-κB διαμεσολαβούμενη από την κινάση σερίνης/θρεονίνης (Ser/Thr) ΙΚΚβ με την οποία τα ετεροδιμερή των υπομονάδων c-Rel/p50 ή p65/50 μετατοπίζονται στον πυρήνα και ρυθμίζουν την έκφραση γονιδίων-στόχων τους, και μια μη-κανονική ή εναλλακτική σηματοδοτική πορεία ενεργοποίησης του NF-κB διαμεσολαβούμενη από την κινάση Ser/Thr ΙΚΚα με την οποία τα ετεροδιμερή των υπομονάδων pρ52/RelB μετατοπίζονται στον πυρήνα και ρυθμίζουν την έκφραση ενός διαφορετικού υποσυνόλου γονιδίων-στόχων τους.Χρησιμοποιώντας κυτταρικά συστήματα in vitro και νέα διαγονιδιακά μοντέλα καρκίνου του πνεύμονα ποντικού in vivo, μελετάμε:1. τους μηχανισμούς δράσης της κανονικής σηματοδοτικής πορείας IKKβ/NF-κB στον NSCLC2. το ρόλο του ρυθμιστικού δικτύου NF-κB-miRNA στον NSCLC3. τους μηχανισμοί δράσης της ΙΚΚα στον NSCLC4. τους μηχανισμούς δράσης της ΙΚΚα στη γήρανση που προκαλείται από ογκογόνο στρεςΤαυτοποίηση νέων ρυθμιστικών πρωτεϊνών των αποκρίσεων σε βλάβες του DNA, της φλεγμονής και του καρκίνου, μέσω σάρωσης μεγάλης κλίμακας με την τεχνολογία CRISPR/Cas9Θα χρησιμοποιήσουμε λεντιϊκές βιβλιοθήκες CRISPR/Cas9 για την απενεργοποίηση πρωτεϊνικών κινασών ή μεταγραφικών παραγόντων για να ταυτοποιήσουμε νέους ρυθμιστές των αποκρίσεων σε βλάβες του DNA και τη φλεγμονή διαδικασίες που εμπλέκονται στην καρκινογένεση.
Πέτρος Μαραγκός
Η διαδικασία της Mείωσης στα γαμετικά κύτταρα των θηλαστικών ξεκινά στις ωοθήκες πριν από τη γέννηση. Ο συνολικός αριθμός των ωοκυττάρων εμφανίζονται στις ωοθήκες κατά τη διάρκεια της εμβρυογένεσης όταν τα γαμετικά κύτταρα εισέρχονται στη μείωση και παραμένουν ακινητοποιημένα στην Πρόφαση. Η κατάσταση ακινητοποίησης της πρόφασης μπορεί να διαρκέσει για χρόνια, και στον άνθρωπο, η κατάσταση ακινητοποίησης μπορεί να διαρκέσει έως και 50 χρόνια. Από την εφηβεία, τα ωοκύτταρα λαμβάνουν ορμονικά ερεθίσματα για να αναπτυχθούν και να αποκτήσουν την ικανότητα να επανεκκινήσουν τη Μείωση. Αυτή η παρατεταμένη κατάσταση ακινητοποίησης καθιστά τα ωοκύτταρα εξαιρετικά ευαίσθητα στη συσσώρευση περιβαλλοντικών ή ενδογενών προσβολών, που μπορεί να επηρεάσουν τη γενετική ακεραιότητα των θηλυκών γαμετών και επομένως τη γενετική ακεραιότητα του μελλοντικού εμβρύου. Επιπλέον, μια μακροχρόνια κατάσταση ακινητοποίησης επηρεάζει τη φυσιολογία και τη δυναμική των ωοκυττάρων που οδηγούν στην ηλικιακά-εξαρτώμενη υπογονιμότητα. Η γονιμότητα και η φυσιολογική ανάπτυξη του εμβρύου εξαρτάται σε μεγάλο βαθμό από τη σωστή ρύθμιση του κυτταρικού κύκλου κατά τη διάρκεια της γαμετογένεσης και της πρώιμης εμβρυικής ανάπτυξης. Η ομάδα μας ασχολείται με τη μελέτη της ρύθμισης του κυτταρικού κύκλου και την απόκριση σε βλάβες του DNA κατά τη διάρκεια της ανάπτυξης του ωοκυττάρου και του πρώιμου εμβρύου στα θηλαστικά. Οι ερευνητικές δραστηριότητες του Εργαστηρίου Αναπτυξιακής & Αναπαραγωγικής Βιολογίας συνοψίζονται στα εξής: Μελέτη του κυτταρικού κύκλου ωοκυττάρων, ωαρίων και προ-εμφυτευτικών εμβρύων θηλαστικών. Μελέτη της απόκρισης ωοκυττάρων, ωαρίων και προ-εμφυτευτικών εμβρύων σε βλάβες του DNA. Προσδιορισμός του ρόλου και της λειτουργίας ωοκυτταρικών ρυθμιστών που παρουσιάζουν και ογκογονική έκφραση. Μελέτη των μηχανισμών της γήρανσης ωοκυττάρων και της σχέσης της με χρωμοσωμικές ανωμαλίες, ανευπλοειδία και βλάβες του DNA. Εξέταση των επιπτώσεων διατροφικών και αγχωδών διαταραχών στην ανάπτυξη των ωοκυττάρων.
Carol Murphy
Το εργαστήριο μας εστιάζει την έρευνά του στη διερεύνηση της αλληλεπίδρασης μεταξύ των μηχανισμών ενδοκυττάρωσης και της μεταγωγής σημάτων από αυξητικούς παράγοντες. Μελετούμε το ρόλο των μελών της οικογένειας του αυξητικού παράγοντα μετασχηματισμού TGFβ (TGFβ, Activin A και BMP4), καθώς και του αγγειακού ενδοθηλιακού αυξητικού παράγοντα VEGF στα ενδοθηλιακά κύτταρα. Επίσης, στόχος μας είναι η μελέτη της επίδρασης της σηματοδότησης και της ενδοκυτταρικής διακίνησης στη διατήρηση της πολυδυναμίας τόσο των ανθρώπινων εμβρυϊκών βλαστικών κυττάρων (hESCs) όσο και των επαναπρογραμματισμένων βλαστικών κυττάρων (hiPSCs). Επιπρόσθετα, πρόθεσή μας είναι η μελέτη του ρόλου των οδών ενδοκυττάρωσης κατά τη διαφοροποίηση των βλαστικών κυττάρων. Τέλος, χρησιμοποιούμε εμβρυϊκά, επαναπρογραμματισμένα βλαστικά και ώριμα ενδοθηλιακά κύτταρα για την ανακάλυψη μεταφραστικών στόχων που σχετίζονται με την αγγειογένεση στο καρκίνο και την αναγεννητική ιατρική.
Frank Fackelmayer
Η ομάδα μας ενδιαφέρεται για την επιγενετική και τη λειτουργική αρχιτεκτονική του πυρήνα των ευκαρυωτικών κυττάρων, καθώς και για το ρόλο τους στην ανθρώπινη ανάπτυξη, υγεία και ασθένεια. Είναι γενικά αποδεκτό ότι η χρωματίνη είναι οργανωμένη σε τοπολογικά συσχετιζόμενες περιοχές που σχηματίζονται και διατηρούνται για να παρέχουν την περίπλοκη υποδομή που απαιτείται για τη σωστή ρύθμιση της γονιδιακής έκφρασης και της αντιγραφής του DNA. Μελετάμε πώς αυτή η υψηλού επιπέδου οργάνωση της χρωματίνης ρυθμίζεται από τις αρχιτεκτονικές πρωτεΐνες του κυτταρικού πυρήνα και τις επιγενετικές τροποποιήσεις τους. Ένα από τα επίκεντρα της έρευνάς μας είναι η πρωτεΐνη Scaffold Attachment Factor A (SAF-A), ένα ουσιαστικό συστατικό του πυρηνικού ικριώματος/ματρίδας που εμπλέκεται στην αναδίπλωση της χρωματίνης σε λειτουργικά ανεξάρτητες μονάδες γονιδιακής έκφρασης. Είναι σημαντικό ότι ο SAF-A συνδέεται επίσης με τον PRMT1, μέλος της επιγενετικής οικογένειας των πρωτεϊνικών μεθυλοτρανσφερασών αργινίνης, και προφανώς προσλαμβάνει το ένζυμο σε στρατηγικά σημαντικές περιοχές του γονιδιώματος για να συμβάλει στην επιγενετική ρύθμιση της τοπικής γονιδιακής προσβασιμότητας και δραστηριότητας. Εικόνα: SAF-A είναι απαραίτητη για τη λειτουργική αρχιτεκτονική του κυτταρικού πυρήνα. Τα αριστερά πλαίσια δείχνουν ότι η SAF-A πλήρους μήκους άγριου τύπου και η χύδην χρωματίνη συν-εντοπίζονται στον πυρήνα, ενώ τα δεξιά πλαίσια δείχνουν πώς μια κυρίαρχα αρνητική κατασκευή της SAF-A, που ονομάζεται C280, οδηγεί σε συνολική κατάρρευση της δομής της χρωματίνης. Κάθε πάνελ δείχνει ένα διαμολυσμένο κύτταρο και γειτονικά κύτταρα χωρίς διαμόλυνση για έλεγχο. Σημειώστε πώς το C280 και η κατάρρευση της χρωματίνης αλληλοαποκλείονται. Η τρέχουσα έρευνά μας έχει τους ακόλουθους στόχους: * να κατανοήσουμε πώς η SAF-A επηρεάζει τη γονιδιακή έκφραση μέσω της ρύθμισης της αναδίπλωσης της χρωματίνης * καθιέρωση μεθόδων σε ζωντανά κύτταρα για τη μελέτη της σύνδεσης της πυρηνικής δομής και της κυτταρικής φυσιολογίας * να περιγράψουμε κυτταρικές οδούς που επηρεάζονται άμεσα ή έμμεσα από το SAF-A * αποκρυπτογράφηση των λειτουργικών συνεπειών αυτής της ρύθμισης στην κυτταρική φυσιολογία και διαφοροποίηση * να διευκρινιστεί πώς η μεθυλίωση αργινίνης μέσω των PRMTs εμπλέκεται στη ρύθμιση της οργάνωσης της χρωματίνης Συνολικά, οι τρέχουσες μελέτες θα ρίξουν φως σε θεμελιώδεις πτυχές της πυρηνικής αρχιτεκτονικής και θα οδηγήσουν στην αξιοποίηση αυτής της νέας γνώσης για τον ορθολογικό σχεδιασμό νέων εφαρμογών στην ιατρική.
Δημήτρης Μπέης
Αναπληρωτής Καθηγητής Βιολογικής Χημείας, Ιατρική Σχολή, Πανεπιστήμιο Ιωαννίνων Είμαι Αναπληρωτής Καθηγητής Βιολογικής Χημείας στην Ιατρική Σχολή του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων και συνεργαζόμενος ερευνητής στο ΙΒΕ-ΙΤΕ. Τα ερευνητικά μου ενδιαφέροντα είναι στα πεδία της Βιοχημείας, Αναπτυξιακής και Κυτταρικής Βιολογίας. Στο εργαστήριο μου χρησιμοποιούμε το zebrafish (Danio rerio), ένα μικρό τροπικό ψάρι ως ζωικό πρότυπο για την δημιουργία πειραματικών μοντέλων ανθρωπίνων νόσων. To zebrafish παρέχει μια πληθώρα πλεονεκτημάτων για την Ιατροβιολογική Έρευνα και κυρίως την δυνατότητα να μελετηθούν σηματοδοτικά μονοπάτια σε επίπεδο οργανισμού in vivo. Τα έμβρυα είναι μικρά σε μέγεθος και η ανάπτυξη τους δεν εξαρτάται πλήρως από τη λειτουργία του καρδιαγγειακού συστήματος, αφού ακόμα και σε πλήρη απουσία κυκλοφορίας, λαμβάνουν επαρκές οξυγόνο με παθητική διάχυση για να επιβιώσουν και να αναπτυχθούν με σχετικά κανονικό πρότυπο για μερικές μέρες. Με αυτόν τον τρόπο μπορεί να μελετηθεί, η ανάπτυξη σοβαρών φαινοτύπων του καρδιαγγειακού συστήματος σε αντίθεση με αντίστοιχα μοντέλα επιμύων. Ανακαλύψαμε ότι η ανάπτυξη των καρδιακών βαλβίδων επηρεάζεται από την συσταλτικότητα της καρδιάς και τις αιμοδυναμικές επιδράσεις στα ενδοκαρδιακά κύτταρα, των οποίων ο συνδυασμός την καθιστούν εξαιρετικά ευάλωτη. Μελετάμε την ανάπτυξη των καρδιακών βαλβίδων και δείξαμε ότι αυτές μπορούν να αναγεννηθούν σε έμβρυα και ενήλικα zebrafish. Το τελευταίο διάστημα επικεντρωνόμαστεε στο πώς ή ρύθμιση της ανοσολογικής απόκρισης μετά από πρόκληση καρδιακής βλάβης επηρεάζει την αναγέννηση της καρδιάς. Επιπλέον χρησιμοποιούμε φυσικά εκχυλίσματα για την ανίχνευση νέων βιοδραστικών ουσιών που μπορούν να αναστείλουν την αγγειογένεση, την παραγωγή μελανίνης και να επάγουν αναγέννηση ή επούλωση τραυμάτων με βάση φαινοτυπικούς ελέγχους σε έμβρυα zebrafish. Περιγραφή φωτογραφίας A) Τα zebrafish είναι ένα πολύτιμο πειραματικό μοντέλο για την ΒιοΙατρική Έρευνα. B) 3D αναπαράσταση εικόνων συνεστιακής μικροοσκοπίας μίας ενήλικης καρδιάς zebrafish, με το αγγειακό δίκτυο της καρδιάς να απεικονίζεται μέσω του διαγονιδίου fli1:GFP. C) 3D αναπαράσταση εικόνων συνεστιακής μικροοσκοπίας μίας ενήλικης καρδιάς zebrafish με τις καρδιακές βαλβίδες να σημαίνονται μέσω ανοσοιστοχημείας ενός αντισώματος ελαστίνης (μωβ) Ερευνητικοί στόχοι: Ανακάλυψη νέων γονιδίων τα οποία εμπλέκονται σε καρδιοπάθειες χρησιμοποιώντας γενετική πληροφορία από επιδημιολογικές μελέτες και αλληλούχιση νέας γενιάς (π.χ. λειτουργική επαλήθευση αλληλομόρφων άγνωστης κλινικής σημασίας). Μελέτη του ρόλου των κυττάρων της φυσικής ανοσίας στην αναγέννηση της καρδιάς. Ανακάλυψη νέων βιοδραστικών ουσιών από φυσικά προϊόντα και άλλα εκχυλίσματα, χρησιμοποιώντας in vivo φαινοτυπικούς ελέγχους σε έμβρυα zebrafish.
Δημήτριος Ι. Φωτιάδης
Η Μονάδα Ιατρικής Τεχνολογίας και Ευφυών Πληροφοριακών Συστημάτων (MEDLAB) είναι μια ιδιαίτερα καινοτόμος και αυτόνομη ερευνητική μονάδα που εδρεύει στο Τμήμα Μηχανικών Επιστήμης Υλικών του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων. Η μονάδα δραστηριοποιείται έντονα στους τομείς της Βιοϊατρικής Μηχανικής και της ανάπτυξης Ευφυών Πληροφοριακών Συστημάτων. Διαθέτει διεθνώς αναγνωρισμένη αριστεία στη διεξαγωγή επιστημονικής έρευνας υψηλής ποιότητας και στην ανάπτυξη καινοτόμων εφαρμογών, προϊόντων και υπηρεσιών Πληροφορικής (IT). Η μονάδα έχει συντονιστή τον Καθ. Δημήτριο Ι. Φωτιάδη, ο οποίος είναι Καθηγητής Βιοϊατρικής Τεχνολογίας στο Τμήμα Μηχανικών Επιστήμης Υλικών του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων και στελεχώνεται με καταρτισμένους επιστήμονες, ερευνητές και άλλο προσωπικό από τον τομέα της Πληροφορικής. Λεζάντα: Ερευνητικές δραστηριότητες της Μονάδας Ιατρικής Τεχνολογίας και Ευφυών Πληροφοριακών Συστημάτων Ερευνητικοί στόχοι του MEDLAB: Μοντελοποίηση πολλαπλής κλίμακας Βιολογικών Ιστών και Συστημάτων Η Μονάδα Ιατρικής Τεχνολογίας και Ευφυών Πληροφοριακών Συστημάτων έχει επιδείξει μια μοναδική τεχνογνωσία στη μοντελοποίηση πολλαπλής κλίμακας βιολογικών ιστών και συστημάτων για τις τελευταίες δύο δεκαετίες. Το πεδίο της έρευνας είναι ευρύ και ασχολείται με την αριθμητική μοντελοποίηση: α) καρδιαγγειακών παθήσεων, β) υπολογιστική μοντελοποίηση οστικών παθολογιών, γ) γλυκαιμικό έλεγχο σε διαβητικούς ασθενείς και δ) μοντελοποίηση της λειτουργίας της ακοής στο μέσο και έσω αυτί. Επεξεργασία Βιοϊατρικών και Γενετικών Δεδομένων Η Μονάδα Ιατρικής Τεχνολογίας και Ευφυών Πληροφοριακών Συστημάτων δραστηριοποιείται σε διάφορους τομείς της βιοπληροφορικής, όπως: (α) Ταξινόμηση αλληλουχίας με βάση την εξαγωγή προτύπων, (β) Ισομερισμός Cis/trans του πεπτιδικού δεσμού με χρήση εξόρυξης δεδομένων, (γ) Αναδίπλωση πρωτεϊνών αναγνώριση με χρήση κρυφού μοντέλου Markov και (δ) Εξέλιξη του καρκίνου του στόματος με βάση την ενσωμάτωση ετερογενών δεδομένων και μεθόδων ανάλυσης δεδομένων. Ευφυή πληροφοριακά συστήματα Η Μονάδα Ιατρικής Τεχνολογίας και Ευφυών Πληροφοριακών Συστημάτων δραστηριοποιείται στην ανάπτυξη ευφυών πληροφοριακών συστημάτων. Αυτός ο ευρύς τομέας περιλαμβάνει την ανάπτυξη και την επικύρωση υπερσύγχρονων συστημάτων τηλεϊατρικής για την παρακολούθηση ασθενών με χρόνιες παθήσεις, ασθενών που αποκαθίστανται μετά από σκελετικά τραύματα ή αθλητικούς τραυματισμούς και άτομα που χρειάζονται ειδική φροντίδα, όπως έγκυες γυναίκες ή άτομα με φοβίες. Φορετές συσκευές Ο ερευνητικός στόχος είναι διπλός: α) υπολογιστική μοντελοποίηση της διάδοσης με υπερήχους σε επούλωση και οστεοπορωτικά μακρά οστά για την παρακολούθηση της εξέλιξης της οστεοπόρωσης και της επούλωσης καταγμάτων, β) η ανάπτυξη εμβιομηχανικής μεθοδολογίας για την περιγραφή της σχέσης οστού-εμφυτεύματος.
Κωνσταντίνος Παπαλουκάς
Η Βιοπληροφορική συνδυάζει τις επιστήμες της Βιολογίας και της Πληροφορικής και μπορεί να χωριστεί σε τρεις κύριους υποκλάδους: α) την ανάπτυξη νέων αλγορίθμων και μεθόδων βάσει των οποίων αξιολογούνται οι σχέσεις μεταξύ των μελών μεγάλων συνόλων δεδομένων, β) την ανάλυση και την ερμηνεία διαφόρων τύπων δεδομένων, συμπεριλαμβανομένων των βιολογικών αλληλουχιών, των πρωτεϊνικών δομών και περιοχών, αλλά και των κλινικών και βιοϊατρικών, και γ) την ανάπτυξη και εφαρμογή εργαλείων που επιτρέπουν την αποτελεσματική πρόσβαση και διαχείριση διαφόρων τύπων πληροφοριών. Στο εργαστήριο Βιοπληροφορικής ιδιαίτερη έμφαση δίνεται στην οργάνωση και ανάπτυξη αυτόνομης έρευνας σε σύγχρονα αντικείμενα, όπως της υπολογιστικής ανάλυσης των πρωτεϊνών και γενικότερα των βιομορίων, της ανάπτυξης υπολογιστικών τεχνικών για τη μελέτη βιολογικών συστημάτων, συμπεριλαμβανομένων των περιβαλλοντικών και υδάτινων, καθώς και και της βιοϊατρικής τεχνολογίας. Συσταδοποίηση και ανάλυση δεδομένων έκφρασης γονιδίων με χάρτες αυτό-οργάνωσης (SOMs) Ερευνητικοί στόχοι: Συλλογή & διαχείριση βιοϊατρικών δεδομένων Επεξεργασία & ανάλυση ακολουθιών DNA & πρωτεϊνών Ανάλυση δεδομένων ευρείας κλίμακας Διάγνωση παθολογικών ιστών (μέσω γονιδιακών προφίλ) Ανάπτυξη συστημάτων υποστήριξης (ιατρικής) απόφασης
